大人気シリーズ・ジュニアシネマ第６弾！ 高校生探偵・工藤新一が”江戸川コナン”の名前を使って、数々の難事件を解明していくTVアニメシリーズの劇場版をノベライズ。
コナンの正体を知る黒い影に、コナンや服部平次たちが決死の戦いを挑む。
毛利小五郎とコナンたちは、謎の人物から招待を受けて、海沿いにあるテーマパークへ向かう。そこである依頼を受けるが、与えられたヒントは奇妙な記号のみ。しかも謎を解くまでの制限時間は数時間。いきなり緊迫の展開に。
さらにみんなの腕はめられた腕時計型のパスには恐るべき仕掛けが施されていて少年探偵団が人質に取られてしまう。
依頼主の悪意ある仕掛けに、どんどん追い詰められて行くコナンたち。
目暮警部、白鳥警部、阿笠博士ら大人チームも全力で応援。怪盗キッドも登場する豪華キャストで大胆にもつれ合った謎を解く！