Ｓ史上最悪のテロ組織・アルタイル。特殊部隊ＳＡＴ、ＳＳＴ、ＮＰＳが再び結集し、彼らとの総力戦が日本で始まる。

アルタイルの首領・槇の子どもを人質に、ＮＰＳ隊長・香椎が選んだ最終決戦の舞台は東京湾・第二海堡。両者が激戦を繰り広げる最中、槇と警察庁統括審議官・天城が対面するとき、誰もが予想しなかった出来事が起こる・・・！？

日本の特殊部隊の真髄を描き続けた「Ｓ」、本巻にて遂に完結！！