テンプル騎士団との戦いは現代に！？

西暦1526年、中国が「明（ミン）」と呼ばれていた時代。時の皇帝による大粛清の嵐が吹き荒れる中、敵対する「テンプル騎士団」に属する宦官たちにより仲間を全て殺され、ただ一人生き残った中国最後のアサシン、シャオ・ユン。
テンプル騎士団への復讐を果たしてゆくシャオ・ユンだったが、それは現在の横浜に生きる少女・リサの遺伝子に刻まれた先祖の記憶だった！ 自らの暴力的衝動に悩むリサの治療と称し、シャオ・ユンの記憶をたどる医師・加賀美。だがその背後には、今も続くアサシンたちとテンプル教団との抗争が－－!?