海底に沈んだ超古代文明の島「プロトゥ」。その復活の鍵となる“キィの鍵”(キィズ・キー)を巡る争に巻き込まれた中学生、真都(まさと)とかがり――

鍵を奪い、市街地を＜武殻＞（タロア）で破壊した緋刻らを追う真都たちだったが、収容されていた巡視船を沈められ、救命艇で太平洋を漂流するはめに。
その間にも「島」復活の準備は進められ…
真都は野望を止められるのか？ 失われた超古代文明がよみがえる!?