特殊スーツ<武殻(タロア)>を創り出し太古の太平洋に君臨した島「プロトゥ」を
巡る争いに巻き込まれた中学2年生の城原真都と宇藤かがり。
真都とかがりは、その島から<武殻>を奪い帰還した日滝と共に、
その島を起動させる鍵を探す最中、島の王族の末裔と思われる伊佐美たちに会う。
だが、そこへ敵勢力が乱入、伊佐美が誤って装着した<武殻>が暴走する。
日滝はそれを止めようとするが……。