新選組分離（偽装）策始動！伊東の目的は… 慶応二年十二月、ついに徳川慶喜が第15代将軍に即位するが、直後に孝明天皇が急逝。尊皇派による暗殺が疑われるが、証拠がない以上新選組も動くことはできない。
焦燥感がつのるなか、参謀・伊東甲子太郎が新選組から分離して薩長の懐に潜り込んで情報を得るという奇策を提案し「新選組分離（偽装）策」が正式に動き出す。だが真の目的を秘めた伊東は暗躍し、セイや総司、斎藤や他の仲間たちの関係性も変えてゆく…。