宮本武蔵(みやもとむさし)となった政希（まさき）が記憶を取り戻し、富岡城城代（とみおかじょうじょうだい）・八塚（やつか）も改心したことで、生徒会メンバーは再び集結。
苦しむ民を助けるため「天草の変」を起こして歴史を変えようとする。
一揆を成功させるには、全国から集結する13万の幕府軍に対抗する必要がある――
そう考えた夏月（なつき）は、細川、鍋島、黒田など周辺大名を説得し味方につけようと天草を旅立つが…？