飢えや貧困に苦しむ島原の現状を知り、「天草四郎」として一揆に関わる決心をした夏月（なつき）。生徒会メンバーとともに天草のために動き始めるが、未来の道具や知恵で「奇跡」を起こす夏月に、人々は救いを求め始める。
そんな民衆を抑えるため、幕府の切支丹狩りはますます熾烈を極める。
幕府側には生徒会メンバーの八塚（やつか）、そして記憶を失ったまま剣豪・宮本武蔵となった宮本政希（まさき）がいた――。