東京湾に輸送機が墜落する事故が発生し…！ 週刊少年サンデーで1988年～1994年にかけて連載され、第36回小学館漫画賞を受賞したゆうきまさみの代表作『機動警察パトレイバー』が、豪華ボックス仕様の愛蔵版になりました。連載時のカラー原稿を再現しただけでなく、コミックスには収録されなかった扉絵をすべて掲載（カラー原稿は第1巻・第2巻・第10巻に収録。扉絵は第2巻以降に収録）。さらに、数多く描かれてきたカラーイラスト、門外不出の創作ノートのラフスケッチも収録するなど（掲載する巻としない巻があります）、ファンならぜひ手元に置いておきたい本に仕上がりました。

東京湾に輸送機が墜落する事故が発生し、積まれていた「13号」と呼ばれるモノが流失。事故を調査する海上保安庁だけでなく、アメリカ軍の特務艦も出動するなど、海域は物々しい雰囲気に包まれる。さらに、「ASURA」の回収を図るシャフト社のダイバー2名と無人作業艇の遭難が続き、異常なサイズの魚類も出現するようになる。そんなある夜、第2小隊が警備中の海上ベースに何者かが侵入、ガードロボットを蹴散らしていく。