海底に沈んだ超古代文明の島「プロトゥ」。その復活の鍵となる“キィの鍵”(キィズ・キー)を巡る争に巻き込まれた中学生、真都（まさと）とかがり。
連れ去られたかがりを奪還した真都だったが、友だちと思っていた緋刻（ひとき）は<武殻>（タロア）の力を市街地に向け、多数の死傷者を出した！
衝撃を受ける真都は“鍵”と緋刻を追って、ついに大海原へと漕ぎ出す――!!