▼第1話／追跡、そして…▼第2話／赤井の過去▼第3話／イチかバチか…▼第4話／擬装▼第5話／最終手段▼第6話／任務▼第7話／姉弟▼第8話／意外な容疑者▼第9話／13日の金曜日▼第10話／キャメルの過去▼第11話／魔法の呪文

●主な登場人物／江戸川コナン（見かけは小学生だが、その正体は「黒の組織」に毒薬を飲まされて体が小さくなった高校生名探偵・工藤新一）、毛利蘭（新一の幼なじみ。帝丹高校2年）、毛利小五郎（蘭の父親で探偵。コナンのおかげで“眠りの小五郎”として有名に）
●あらすじ／水無怜奈の居場所を黒の組織にかぎつけられ、入院先の病院に組織の手先が潜伏していることが発覚。コナンとFBIの赤井は、すでに入院患者の中から楠田という男を容疑者に絞り込み、その夜、彼がナースステーションで物色し始めたところを大勢のFBIが取り囲む。だが、楠田は首に爆弾を巻いており、捜査官がひるんだすきに、まんまと逃亡されてしまい…？（第1話）
●本巻の特徴／水無怜奈を奪還すべく、本格的に動き出した黒の組織！ これに対し、コナンと赤井が立てた巧妙な作戦とは…？ 赤井秀一の意外な過去や、水無怜奈の新事実も明らかになる全11話。
●その他の登場人物／小嶋元太・吉田歩美・円谷光彦（コナンの同級生たち。少年探偵団を結成）、灰原哀（新一が飲まされた毒薬の開発者だが、自らも薬を飲んで「黒の組織」から逃亡。阿笠の家に居候中）、阿笠博士（工藤家の隣りに住む科学者。新一とコナンが同一人物だと知っている）、水無怜奈（日売テレビのアナウンサー。実は黒の組織の一員）、ジェイムズ・ブラック、ジョディ・スターリング、赤井秀一、アンドレ・キャメル（黒の組織を追うFBI捜査官）